《灵枢》原称《针经》，全书以经络、腧穴、针刺为核心。针灸学说的理论基础几乎全部源于《灵枢》。
《灵枢·九针十二原》记载了九种针具，是针灸工具的总纲：
| 针 | 形状用途 |
|---|---|
| 镵针 | 浅刺皮肤 |
| 员针 | 按摩分肉 |
| 鍉针 | 按压经脉 |
| 锋针 | 三棱针，刺络放血 |
| 铍针 | 切开排脓 |
| 员利针 | 治痈肿、暴痹 |
| 毫针 | 最常用，刺入经络腧穴 |
| 长针 | 深刺 |
| 大针 | 泻水、治关节积液 |
现代针灸最常用的是毫针，即细长针具，用以刺入腧穴调理经络气血。
腧穴是脏腑经络之气输注于体表的部位，是针灸施治的刺激点。
| 分类 | 说明 | 举例 |
|---|---|---|
| 经穴 | 属于十二正经、任督二脉的穴位（共 361 个） | 足三里、合谷、内关 |
| 奇穴 | 有奇效但不在正经上 | 太阳、四神聪 |
| 阿是穴 | 以痛为腧，无固定位置 | 压痛点 |
| 穴位 | 归经 | 主治 |
|---|---|---|
| 合谷 | 手阳明大肠经 | 头痛、牙痛、面瘫（"面口合谷收"） |
| 足三里 | 足阳明胃经 | 脾胃病、强壮要穴 |
| 内关 | 手厥阴心包经 | 心胸胃病、宁心安神 |
| 三阴交 | 足太阴脾经 | 脾胃、妇科、泌尿 |
| 百会 | 督脉 | 头面诸疾、升阳 |
| 关元 | 任脉 | 培元固本、强壮要穴 |
《灵枢》确立了"盛则泻之，虚则补之"的补泻原则：
| 手法 | 操作要点 | 适用 |
|---|---|---|
| 捻转补泻 | 顺经捻转为补，逆经为泻 | 虚实 |
| 提插补泻 | 重插轻提为补，重提轻插为泻 | 虚实 |
| 呼吸补泻 | 呼气进针为补，吸气进针为泻 | 虚实 |
| 迎随补泻 | 顺经针刺为补，逆经为泻 | 虚实 |
| 开阖补泻 | 出针按闭针孔为补，摇大针孔为泻 | 虚实 |
《灵枢》与《素问》均有灸法记载。艾灸用艾绒燃烧的温热刺激穴位：
"针所不为，灸之所宜"——针刺达不到的，可用灸法。